Bitte (bitte!!!) benennen Sie Atome nach dem folgenden Schema.
Die Laufnummern von C- und O-Atomen sind bei den meisten Biomolekülen standardisiert. Jedem Zuckerchemiker ist klar, wo bei Glucose C-3 ist. Der Bindestrich scheint bei den meisten Zeitschriften verhandelbar zu sein. In ihrem Datensatz sollte also C3 stehen. Ist es nötig, mehrere Atome mit derselben Standardnummer zu unterscheiden, zum Beispiel bei Disacchariden, bei Cyclodextrinen oder bei Nukleosiden, wo C3 im Purin oder im Riboserest gemeint sein kann, sollte mit Zahlen erweitert werden. Überhaupt sollte an das Atomsymbol nichts anderes als Zahlen angehängt sein; dies vermeidet am sichersten irgendwelchen Ärger mit Programmen, die mal dies und jenes nicht lesen können.
Bei einem Disaccharid oder Nukleosid wird meistens C3 und C3' unterschieden, bei uns mit Zahlen also: C31 und C32. Bei α-Cyclodextrin heißen die sechs C3-Atome dann C31, C32, ..., C36. Beachten Sie aber auch die Möglichkeit, die SHELX-Anweisung RESI zu benutzten, mit der man sich viel Chaos sparen kann.
Sind solche standardisierten Atomnamen vergeben, wird mit den verbleibenden Atomen im gleichen Stil fortgefahren. In einem Komplex, der neben Ribose zwei Ethylendiaminmoleküle enthält, sind also C1–C5 für die Ribose-C-Atome reserviert, C6 und C7 wären die C-Atome des ersten en-Liganden, C8 und C9 die des zweiten.
Trägt C3 ein einziges H-Atom, so heißt dieses H3. Zwei H-Atome an C5 heißen H51 und H52. Zwei H-Atome an C62 heißen H621 und H622. Bei H-Atomen an Heteroatomen kommt vor die Laufnummer, die vom Heteroatom übernommen wird, die Ordnungszahl des Heteroatoms: Die beiden H-Atome an N1 eines en-Liganden heißen dann H711 und H712, das H-Atom an O6 von Glucose heißt H86. Die H-Atome an einem Ethanolmolekül aus C10-C9-O7 sind dann H101, H102, H103 und H91, H92 bei den C-Atomen sowie H87 für das Hydroxyl-H. Eine Ausnahme ist Wasser.
Eine Struktur enthalte 12 Wassermoleküle in der asymmetrischen Einheit. Die O- und H-Atome heißen: O91 mit H911 und H912, O92 mit H921 und H922, O93 mit H931 und H932, ..., O910 mit H903 und H904, O911 mit H913 und H914, O912 mit H923 und H924. Alles klar? Bitte melden Sie sich, wenn Sie die H-Atome an einem O924 nicht H945 und H946 nennen würden (ein etwas hypothetischer Fall, da man in Strukturen mit so viel Wasser große Elementarzellen hat und keine H-Atome mehr sieht).
Auch wenn eine Atomsorte nur einmal vorkommt, so wie dies beim Zentralmetall oft der Fall ist, vergeben Sie trotzdem die dann eigentlich überflüssige Laufnummer „1“; also: Pd1, nicht Pd (wegen Acta Crystallogr.).